氫氘交換 (HDX-MS)
HDX-MS測量蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)骨架中氫分子的可及性。在分析過程中，未結(jié)合的抗原和結(jié)合的抗體-抗原復(fù)合物都在氘 (D2O) 水中孵育，以便將任何酰胺氫與來自蛋白質(zhì)骨架暴露氨基酸的氘交換。然后可以使用高分辨率質(zhì)譜法仔細(xì)確定這些氘分子在蛋白質(zhì)序列上的位置。通過比較未結(jié)合的抗原與結(jié)合的抗體-抗原復(fù)合物，可以確定表位的殘基。該技術(shù)需要仔細(xì)控制反應(yīng)的溫度、pH 值和時間。
HDX-MS 的其他應(yīng)用通過 CovalX 的 HDX 分析利用高分辨率分子結(jié)構(gòu)視圖用于以下項目：
? 生物仿制藥表征
? 高階結(jié)構(gòu)
? 構(gòu)象/蛋白質(zhì)動力學(xué)
? 小分子相互作用
? 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用
? 蛋白質(zhì)折疊表征
交聯(lián)耦合質(zhì)譜 (XL-MS)
超大質(zhì)譜儀首先用質(zhì)量標(biāo)記的化學(xué)交聯(lián)劑結(jié)合抗體和抗原。接下來，使用高質(zhì)量 MALDI 檢測確認(rèn)復(fù)合物的存在。由于在應(yīng)用交聯(lián)化學(xué)后，Ab/Ag 復(fù)合物非常穩(wěn)定，因此可以將多種酶（五種并行使用）和消化條件應(yīng)用于復(fù)合物以提供許多不同的重疊肽。這些肽的鑒定使用高分辨率 Orbitrap™ 質(zhì)譜和 MS/MS 技術(shù)進(jìn)行。使用連接到交聯(lián)試劑的質(zhì)量標(biāo)簽來確定交聯(lián)肽的識別。使用特定相互作用軟件進(jìn)行 MS/MS 碎裂和數(shù)據(jù)分析后，在同一實驗中確定表位和互補位。由于質(zhì)譜檢測的高靈敏度和準(zhǔn)確度，需要的材料量非常少。
XL-MS 的其他應(yīng)用：
? 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用
? 映射聚合
? 平行互補位映射分析